История становления отдела управления водными ресурсами началась вместе с образованием института.

В 1970 году была создана лаборатория изучения водных ресурсов. Цель создания лаборатории полностью отвечала основным направлениям развития института – формированию и разработке научно-методических основ прогнозирования и перспективного планирования рационального использования и охраны водных ресурсов. На протяжении становления института, направление исследований которого диктовало развитие отрасли водного хозяйства, шли преобразования и в научных лабораториях.

В 1977 г. лаборатория изучения водных ресурсов преобразована, в соответствии с задачами отрасли, в лабораторию регулирования и использования поверхностных вод.

В 1983 г. – в лабораторию управления водными ресурсами, в 1987 г. лаборатория имеет в своем составе два сектора: сектор АСУ водного хозяйства и сектор экономических исследований. Выделение секторов понадобилось в связи с прочным закреплением за лабораторией задач моделирования водохозяйственных систем и разработки программных комплексов для управления водным хозяйством и водными ресурсами, а также решения экономических вопросов, возникающих практически в каждом из прикладных исследований. Коллектив лаборатории работал над такими перспективными направлениями как научно-методические основы планирования и прогнозирования использования и охраны водных ресурсов с применением АСУ; комплексные исследования и методическое обеспечение основ управления рациональным использованием и охраной водных ресурсов малых рек; информационное обеспечение государственных органов обобщенной информацией о состоянии и перспективах развития водопользования и водного хозяйства. Одним из направлений работы лаборатории управления водными ресурсами была разработка в рамках государственного задания методики прогнозирования использования водных ресурсов с применением автоматизированных систем поддержки принятия решений.