1) Научно-методическое обеспечение управления водопользованием

• Оценка роли диффузного стока с водосбора реки Кама в формировании качества поверхностных вод;
• Совершенствование научно-методического и информационного обеспечения разработки и корректировки Схем комплексного использования и охраны водных объектов (СКИОВО);
• Разработка и научное сопровождение реализации программы исследований в области управления использованием и охраной водных ресурсов;
• Исследование и разработка научно-обоснованных рекомендаций по улучшению гидрологической и водохозяйственной обстановки на реке Урал;
• Разработка методических рекомендаций по оценке влияния аэротехногенного загрязнения водосборных территорий на формирование качества поверхностных вод;
• Разработка моделей управления водными ресурсами и водохозяйственным комплексом России в контексте новой редакции Водного Кодекса Российской Федерации;
• Разработка Методических рекомендаций по определению целевых показателей качества воды в водных объектах;
• Научное обоснование методов обеспечения устойчивого и безопасного функционирования водохозяйственного комплекса бассейна р. Амур (соисполнители);
• Обзор состояния совместных работ на трансграничных водных объектах и месторождениях подземных вод и предложения по направлениям дальнейшего сотрудничества России и стран-участниц интеграционных структур СНГ и ШОС;
• Разработка программы действий по развитию природоохранного сотрудничества в рамках СНГ и разработка концепции единого экологического измерения. Подготовка пакета приоритетных программ и проектов по актуальным вопросам приграничного сотрудничества;
• Разработка концепции развития международного сотрудничества по вопросам обеспечения доступа развивающихся стран и беднейших стран СНГ к водным ресурсам;
• Разработка проекта рекомендаций (руководящих принципов) по вопросам межгосударственного распределения водных ресурсов трансграничных водотоков и их рационального использования с учетом аспекта качества вод. Рекомендации выпущены в качестве официального документа ЕЭК ООН (MP.WAT/2003/8);
• Разработка программы мониторинга трансграничных водных объектов различных типов на основе унификации информационного обеспечения;
• Совершенствование системы нормирования водопользования (на примере бассейна р. Исети) (инициативный проект, поддержанный Московским офисом Всемирного банка);
• Разработка региональной программы защиты населенных пунктов Республики Башкортостан от наводнений;
• Разработать концептуальные основы использования географо-гидрологического метода при расчете выноса загрязняющих веществ с водосбора диффузным стоком;
• Разработка методики расчета поступления биогенных веществ с водосбора с диффузным стоком;
• Разработка методики картирования и составление карт выноса ингредиентов диффузным стоком с водосборов малых рек;
• Разработка системы оценки природно-хозяйственных особенностей территорий для целей планирования водоохранных мероприятий.

2) Обоснование программ исследований в области управления использованием и охраной водных ресурсов

• Разработка и научное сопровождение реализации программы исследований в области управления использованием и охраной водных ресурсов

3) Разработка и корректировка схем комплексного использования и охраны водных объектов (СКИОВО)

• СКИОВО бассейна р. Кама;
• СКИОВО бассейна р. Обь.

4) Научно-техническая экспертиза документов, утверждаемых Росводресурсами (границы водоохранных зон и пр.)

• Проведение экспертизы результатов работ по информационному обеспечению в области водных ресурсов по теме: «Описание границ водоохранных зон и границ прибрежных защитных полос водохранилищ...» (по 49 объектам – водохранилищам и морям);
• Многочисленные экспертизы завершенных НИР по заказу