Основным направлением деятельности отдела является разработка научно-методических основ решения задач управления водопользованием на территории Российской Федерации. 

Задачи отдела:

Научное обоснование совершенствования нормативно-правового обеспечения управления водопользованием. 
Научно-методическое обеспечение управления водопользованием, включая вопросы: 
- планирования водоохранной деятельности в речном бассейне с учетом природных и антропогенных факторов; 
- оценки влияния состояния водосборной территории на качество поверхностных и подземных вод; 
- идентификации рассредоточенных источников загрязнения водных объектов и снижения их вредных воздействий; 
- разработки принципов и механизмов реализации государственной водной политики РФ. 
Разработка и корректировка схем комплексного использования и охраны водных объектов (СКИОВО). 
Пропаганда научно-практических достижений отдела: участие в российских и международных форумах, публикация результатов работ в российских и зарубежных изданиях.