1.  Научно-методическое обеспечение управления водопользованием, включая вопросы: 

  • планирования водоохранной деятельности в речном бассейне с учетом территориальной дифференциации природной среды и антропогенных факторов;
  • оценки влияния состояния водосборной территории на качество поверхностных и подземных вод; 
  • идентификации рассредоточенных источников загрязнения водных объектов и снижения их вредных воздействий;
  • разработки принципов и механизмов реализации государственной водной политики РФ;
  • рационального использования и охраны трансграничных водных объектов.

2.  Обоснование программ исследований в области управления использованием и охраной водных ресурсов Российской Федерации.

3.  Разработка и корректировка схем комплексного использования и охраны водных объектов (СКИОВО).

4.  Научно-техническая экспертиза документов, утверждаемых Росводресурсами (границы водоохранных зон и пр.).

5.  Пропаганда научно-практических достижений отдела: участие в российских и международных форумах, публикация результатов работ в российских и зарубежных изданиях.