Своей миссией институт считает научно-методическое обеспечение государственных функций Федерального Агентства водных ресурсов по управлению использованием и охраной водных ресурсов, по оказанию государственных услуг и  правоприменению в сфере водных ресурсов.

     Определение цели основывается на понимании необходимости развития водохозяйственного комплекса Российской Федерации как одного из ключевых факторов обеспечения экономического благополучия и социальной стабильности, национальной безопасности страны и реализации конституционных прав граждан на благоприятную окружающую среду.

     Систематизация научных исследований по обеспечению развития водохозяйственного комплекса с учетом видимых тенденций глобализации экономики, изменения климата, меняющихся политических приоритетов, а так же анализ современного состояния и проблем водохозяйственного комплекса позволяет определить стратегические задачи ФГБУ РосНИИВХ:

- концентрация усилий в сфере прикладных исследований на приоритетных направлениях инновационного развития водохозяйственного сектора российской экономики;
- расширение деятельности по коммерциализации выполненных исследований;
- развитие научных основ и ведение прикладных разработок в области оптимального управления водным хозяйством России в условиях инновационной экономики и экономической самостоятельности водопользователей;
- обеспечение преемственности научной школы управления водным хозяйством и водопользованием, экономики водного хозяйства;
- научное сопровождение проектных, природоохранных и технических решений, затрагивающих интересы использования и воспроизводства водных ресурсов;
- повышение роли института в развитии профессионального образования.

При решении поставленных задач ФГБУ РосНИИВХ руководствуется следующими принципами:

 

• научная результативность является функцией от капиталовложений и организации науки;
• главное действующее лицо предприятия - творческий коллектив, который создается путем поддержания достойной оплаты труда и совершенствования квалификации конкретных ученых для решения исследовательской, проектной или конструкторской задачи;
• непрерывное обучение и повышение квалификации – главное условие конкурентноспособной работы научного работника и роста его творческого потенциала;
• выполнение научных исследований на основе экосистемного подхода.